Byggandet av de nya stambanorna blir även Sveriges största arkeologiska projekt någonsin. Bland landets arkeologer är förväntningarna höga att fynd i samband med utgrävningar på de planerade järnvägssträckorna ska ge mer kunskap om Sveriges forntid och hur människor levde och bodde på stenåldern. Det kan även ge svar på hur människors hälsotillstånd var. Att undersöka parasiter som fanns i människors magar och analysera fröer kan visa vad man odlat och ätit. Sträckan för Ostlänken, (Järna-Linköping) passerar bland annat Kolmården där man hittat mycket lämningar från stenåldern, vilket väntas ge en tydligare bild av den perioden.

Omkring 90 procent av alla utgrävningar i Sverige är arkeologiska undersökningar i samband med väg- och eller byggprojekt. För Ost­länken är en kartläggning genomförd för att utreda om det finns fornlämningar. Nästa steg blir att undersöka bekräftade fornlämningar med hjälp av metalldetektorer, provtagning eller gräva för hand. Slutligen sker en arkeologisk undersökning, en utgrävning av hela området och alla lämningar